当然，目前市面上的去中心化交易所还存在着许多不足，其交易量和交易体验也和主流中心化交易所有着较大的差距。受制于现阶段技术的瓶颈，在去中心化交易所上交易面临四个问题：
1. 交易冲突。在达成交易后，交易参与方将交易向全网广播，由于广播交易和记录交易（挖矿）之间存在时间延迟，使得交易有可能发生冲突。比如在一个出块时间段内，有两个买家下了同样的order，买同一个资产，而这两笔交易传到不同矿工的先后顺序不同，从而在记录时导致了交易冲突。虽然最后只有一个order会被记录，但两笔交易同时消耗了gas费用。又比如，在同一个出块时间段中，一个买家下了单，而卖家却取消了挂单，在矿工记录交易时也发生了冲突。
2. 抢先交易(front running)。由于交易双方挂单的时间并不完全同步，挂单的信息又对外透明，给第三方提供了抢先交易的获利空间。抢先交易者看到双方挂单信息后，在交易完成前抢先进入，获取价格优势。比如抢先交易者看到买卖双方的价位后，通过出更高的矿工费优先从卖家处买入资产，然后抬升价格卖给买家，通过牺牲买家的利益给自己牟取无风险收益。有些抢先交易者自己就是矿工，更是为自己的抢先交易占据了天时地利，在挖矿记录交易时优先记录自己的交易。
3. 高额手续费。由于去中心化交易所一般采用链上交易和链上结算，每一笔交易都要耗费矿工费用，在矿工费用居高不下的今天，去中心化交易所的手续费相比中心化交易所毫无竞争优势。
4. 交易量限制。由于目前的主流公链(
以太坊，
比特币)的TPS较为有限，无法同时承载过多的交易，因此改用POS或DPOS共识，架构闪电网络等方式也被广泛讨论。
对于这些问题，业界也探索了相应的解决方案。对于交易冲突，许多交易所采用链下撮合交易、链上清算的方式，牺牲一部分透明度和去中心化程度提升交易的成功率。对于被业界痛恨的抢先交易，业界则是提出了commit-reveal模式，通过先将order加密,促成交易后再公开的方式防止被抢先交易。
来自Front-running, Griefing and the Perils of Virtual Settlement，作者Will Warren
对于高额手续费，不少手续费较低的公链在六月即将上线，EOS更是承诺不收取手续费。而交易量受限的问题，不少公链如EOS等也是通过采用不同的共识机制，牺牲一定的去中心化来提升交易的效率。
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