让日本政府始料未及的是，监管并没有为交易所的资金安全铸起坚实的防火墙。
2018年1月，Coincheck交易所再次被盗，丢失的新经币价值5.23亿美金（约34亿人民币），成为目前为止全球最大规模的
数字货币失窃案。多个信源向网易科技透露，当时交易所Coincheck私下上了20多个“黑币”，即没有经
金融厅批准的数字货币。其中，被盗的新经币NEM源于项目本身管理不到位造成。官方公布的直接原因是交易所没有使用冷钱包管理资金。
由于Coincheck是日本交易所中的“正规军”，是第一个获得日本交易许可，规模排名第二的日本交易所。出事后，很多日本民众在推特表达了对金融厅的强烈不满。很多媒体组织讨论数字货币的发展，舆论对此很消极。金融厅压力倍增，对数字货币发展踩下紧急刹车。
随后日本金融局连发下了8道“肃清令”，对日本的32个数字货币交易所进行检查，其中包括16家尚未获得许可证的交易所，列出了43个检查项目。
这也让
btcBox交易所的团队忙得团团转。金融厅入驻公司40多天，从资金安全、人员管理、反洗钱系统等进行了全面审查。柳岩告诉网易科技：“由于日本虚拟货币市场此前出现的安全事件造成了严重后果，金融厅现在是直接把交易所当成金融机构来审查。”
她举例表示，交易所需要提交投资者的资金金额、虚拟货币数量及其管理状况等金融厅指定的第三方机构的审查报告。为了确保资金安全，公司需要建立严密的反洗钱机制等。系统服务器不仅需要防御全球黑客的攻击，还需要在发生洪水等灾害时，能够保证数据的安全，另外，员工信息也是被深入调查的一部分。
对于申请上交易所的项目，审核更加严格。BtcBox在CoinCheck事发前，曾向金融厅提交过若干项目，至今都未能通过审核。据柳岩介绍，项目方必须先将材料交给交易所，交易所按照金融厅的指导意见审核，通过后送交金融厅，金融厅审核后才能上线。CoinCheck事发后，对于项目的审核更加严格。比如项目财务报表需要四大会计所等非常权威性的第三方机构出具。从根本上，保证了资金的安全。
6月份，日本规模最大的bitFlyer等6家交易所都收到整改。bitFlyer被检查发现安全系统中出现问题，涉及在防止洗钱、恐怖主义融资及未授权进入渠道等方面的问题。关又仁告诉网易科技：“目前BtcBox的整改报告已经提交金融厅，我们将严格按照报告内容执行整改，并定期向金融厅提交进度报告。”
攻击事件发生后，交易所牌照发放工作也暂停执行。Mr. Exchange和Tokyo Gateway分别撤回了之前递交给FSA的交易所牌照申请。还有些正在排队申请的交易所，直接被金融厅劝退。孙僮检告诉网易科技，这些交易所在二三月份的时候还很有市场。很多公司虎视眈眈想收购它们重新包装，再申请牌照，但随着监管越来越严，很多人放弃了这种想法。小菊工作在中国算力名列前茅的一个矿场。她向网易科技透露，年初他们本来已经开始与日本律师密切接触，想筹办交易所。Coincheck被盗后，就打消了这个想法，因为很难申请下来。
于此同时，很多海外未在日本登记的交易所因在日本开展业务均遭到日本警告。
币安被迫退出日本市场。
火币、BigOne等交易所纷纷放弃日文服务。
这一系列措施，还不足以让日本金融厅安心。据当地媒体Sankei于7月3日报道，金融厅正考虑更改其
加密货币交易监管条例的法律依据。有专家分析，虽然《资金计算法》规定加密货币交易所为注册制，但由于加密货币交易时，交易所对用户资产保护不够充分，所以金融厅或将通过适用于证券公司等传统金融机构的规定加强对用户的保护。适用法律更改后，虚拟货币将从电子货币转为金融商品监管。
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