另一种隐私保护机制是代码混淆。该方案要找到一种方式来混淆程序 P，混淆器（obfuscator）会产生第二个程序 O(P)=Q，使得在给 P 和 Q 相同的输入时，产生相同的输出。但是 Q 不会揭露与 P 内部构造相关的任何信息。这使得我们可以在 Q 内部隐藏如密码和身份证等的私密信息，但同时在程序里使用这些信息。
虽然研究者已经证明完全的黑盒混淆器是不可能实现的，但不可区分混淆器（indistinguishability obfuscation）是可以实现的，这是一种概念上弱化的混淆器。不可区分混淆器 O 的定义是，如果你使用两个同等的程序 A 和 B（如把相同值输入到 A 或 B 里去产生相同的输入）计算得到 O(A)=P 和 O(B)=Q，则在无法进入程序 A 或 B 的情况下，则在计算上分辨 P 来自于 A 还是 B 是不可行的。
最近，研究者 Craig Gentry, Amit Sahai 等人完成了不可区分代码混淆器。然而，该算法的计算开销十分高昂。
如果开销问题可以得到改善，则能带来巨大的潜在好处。
举个例子，假设
以太坊的智能合约里有 Coinbase 的密码。则我们可以写出这样一个程序：当智能合约满足了特定条件后，合约通过中间节点初始化与 Coinbase 的 HTTPS 会话，使用密码进行登录，然后执行交易。由于合约里的信息被混淆了，因此中间节点或
区块链的其他参与者都没法修改发出的请求和获取用户密码。
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