随着应对气候变化职能调整和试点工作的不断深化，《管理办法（修订）》对
碳排放权交易主管部门进行了调整，由
北京市生态环境局负责相关工作的组织实施、综合协调与监督管理。
同时，设定区生态环境主管部门职责。《管理办法（修订）》指出，区生态环境主管部门在市生态环境局的统一部署下负责辖区内碳排放单位的监督管理，具体包括每年更新本辖区内重点碳排放单位和一般报告单位名单、可通过政府购买服务的方式对一般报告单位的排放报告进行检查等职责。
此外，《管理办法（修订）》还明确了其他监督管理部门职责。市统计局负责重点碳排放单位和一般报告单位名单的确认；市
金融监管局负责指导交易机构制定碳排放权交易规则及相关业务细则、接受交易机构的定期报告；市财政局负责安排专项资金支持配额回购，并对配额竞价所得资金进行专项管理财政；市场监督管理部门负责对核查机构的监督检查。
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