目前，中国
碳市场面临的另外一个重要问题是如何更好地遵循市场逻辑，完善碳市场的建设和管理体系。一个理想的碳市场应基于边际成本效应理论，即优先考虑边际减排成本最低的实体，并激励他们更积极地参与碳减排活动。这种策略可确保市场最有效地利用资源，促进技术创新，并优先实施最经济最有效的减排途径。之前CDM项目的快速发展在很大程度上源于发达国家与发展中国家间存在巨大的碳减排边际成本差，这种成本差成为推动CDM国际合作的最主要的市场动力。
中国碳市场目前主要集中在电力行业。尽管这一行业是国内最大的
碳排放源，对全国的碳减排贡献最大，但电力企业碳排放配额的分配办法使这些企业在技术水平、减排路径和成本上相差不大。这意味着，除非这些企业有特别的创新技术突破或突出的管理措施，否则他们之间的边际减排成本不会有太大差异。因此，这些企业没有参与买卖的强烈动机，缺乏交易的积极性，这是目前碳市场交易不活跃的一个主要原因。未来，如果市场不引入更多的排放配额以外的碳信用，碳市场无疑将会面临更加“沉闷”的局面。
从具体数据来看，全国碳市场在其首个履约周期内纳入了2162家发电企业，这些企业的年排放总量约为45亿吨二氧化碳，使中国碳市场成为全球覆盖温室气体排放量最大的市场。据统计，2021年全国碳市场的盈余约为3.6亿吨二氧化碳。但与此同时，参与碳市场交易的企业却普遍缺乏出售意愿，“惜售”态度明显。尽管碳市场在2021年7月启动的首日成交量高达410万吨，此后成交量却大幅下降，有时甚至低于百吨。到2021年底，市场交易量才逐渐恢复，其中12月的成交量在整年中占比76%，成交价超过60元/吨。
这种现象反映了参与主体对市场有效性缺失信心，例如，担心出售配额后，到履约清缴盘查时因突发情况出现自身配额不足而又无法从市场购得，导致无法履约而带来严重后果，甚至被问责。另外，通过出售配额所获得的收益仅能支付减排成本，对企业总收入的提升不明显。因此，很多参与主体宁愿持有配额保留富余，也不愿意将其出售。
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