CDM起源自《京都议定书》第12条。根据这一条款，发达国家在《京都议定书》第一承诺期（2008—2012年）可以通过海外减排机制即CDM以及第6条规定的联合履行（Joint Implementation，JI）来实现其在《京都议定书》下的减碳承诺。2001年，《联合国气候变化框架公约》第七次缔约方大会议（COP7）在约旦马拉喀什召开，制定了实施《京都议定书》的细则，包括批准成立CDM执行理事会及组成人员。从2002年开始，全球启动了CDM项目的实施。与此同时，中国政府第一时间积极参与CDM合作，并重点推进了以下几个方面的工作：
①组织大规模的CDM能力建设培训，培训对象包括中央部委、地方政府、研究院所、中介机构和企业等。目前在
碳市场活跃的许多机构都是从参加CDM培训开始进入碳市场的，这些机构是国内首批在碳市场实践中的优秀参与者；②编制参与CDM合作的规章及一系列相关指导文件，为参与CDM合作的国内企业以及来华寻求项目合作的国外企业提供清晰的政策指导和相应的基础服务，如提供官方的电网排放因子等；③在国际层面参与国际规则制定，确保国际规则能够体现和包含中国的国情，在国际层面审查中国项目时能够保证公平合理。
在各方的共同努力下，中国CDM项目的国际合作从2006年开始大爆发，到2012年占据了全球CDM项目的一半以上。在这个阶段中，凡是参与中国CDM项目合作的机构，无论是中国机构还是国外机构，都有了明显的收获和成长。除此之外，CDM项目合作还极大地促进了中国减碳行业技术和装备的快速发展，包括风电、太阳能光伏、小水电、工业余热利用、农村沼气、畜禽废弃物处理、垃圾焚烧发电等领域。
中国如今在风能、太阳能领域取得的全球领先地位，一定程度上也得益于CDM机制在这个时期为这些行业提供的额外扶持。中国政府还从CDM收益中提取了部分费用建立了中国清洁发展机制基金，该基金已成为促进中国绿色
低碳发展举足轻重的重要基金。
在该阶段，中国CDM项目顺利并快速发展的背后有很多至关重要的因素。一是有明确的、强劲的市场需求。市场上主要需要CER（核证减排量）的是欧盟和日本的企业。在欧盟和日本政府需要履行《京都议定书》的驱动下，这些国家的部分企业迫切希望能够获得足够低成本的CER，而中国是最可靠的CER供应市场。
二是有强大的信用保证。CDM是经联合国CDM执行理事会审批和签发、同时获得主办国政府背书的碳减排信用。事实上，CDM项目的开发和审核都非常严格——这并不否认其中仍存在不少瑕疵，包括一些造假行为。
三是有明确的国际与国内政策的指引。从原则、标准到实施步骤，这些政策都非常清晰明了，且形成了一套适合中国国情的体系。四是政府的协调、组织和推进。中国政府不断完善相关机制，强化统筹协调，深入研究、点面推进工作，为中国CDM项目的发展提供了良好的政策环境。
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